Après avoir été le directeur de cabinet de Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, entre 2012 et 2013, le médecin lyonnais a été nommé conseiller spécial auprès d'Agnès Buzyn, ministre de la Santé.
Pour la seconde fois de sa carrière, Lionel Collet se mettra au service d'un ministère, cette fois celui de la Santé. Ce médecin lyonnais a l'habitude d'occuper des postes à responsabilités. De 1991 à 2006, il dirige le laboratoire de recherche Neurosciences et systèmes sensoriels du CNRS, puis préside dès 2006 et jusqu'en 2011 l'université Claude Bernard Lyon 1. En parallèle, entre 2000 et 2012, il assure le poste de chef de service d'audiologie et d'explorations oro faciales des Hospices civils de Lyon. Quelques années après avoir quitté la présidence de l'université Lyon 1, il est appelé pour assurer pendant quelques mois le poste de directeur de cabinet de Geneviève Fioraso lorsqu'elle était ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. C'est désormais auprès d'Agnès Buzyn que Lionel Collet apportera son expertise sur les questions de santé.