Le Grand Hôtel-Dieu reste un lieu riche en histoire dont certains événements sont tombés dans l'oubli. En 1834, des sœurs ont mené une fronde entre ces murs.
En 1834, Lyon est le théâtre de la deuxième révolte des Canuts, mais à l’Hôtel-Dieu se joue un tout autre conflit, qui lui est administratif. Les sœurs qui s’occupent des malades refusent d’être gérées par des laïcs après le départ du Premier Aumônier pour raison de santé. Il n’est pas remplacé. La tension ne cesse de monter, une cinquantaine de sœurs rencontrent le maire, faisant part de leur refus de continuer ainsi, elles expliquèrent "qu'elles étaient des sœurs religieuses et qu'elles ne devaient en conséquence pas obéir à un laïc". Deux manifestes sont publiés où elles ajoutent qu'elles ne quitteront pas d'elles mêmes l'Hôtel-Dieu. Les frères restent éloignés du conflit pour ne pas y être mêlés.
La charge des sœurs
Des pétitions circulent, des lettres anonymes fusent. Le couperet tombe, les sœurs qui n’obéiront pas aux laïcs seront renvoyées en cas de fronde. Si cela ne leur convient pas, elles doivent quitter les lieux sur-le-champ. Les sœurs refusent, elles occupent l’Hôtel-Dieu. Une dizaine agents de la force publique sont envoyés pour les déloger, ils font face à une violence inattendue de la part de 80 sœurs qui leur foncent dessus durant la nuit. Trois d’entre elles montent sonner les cloches, Lyon se réveille pensant que la ville brûle ou qu’un autre malheur aussi grave est en train d’arriver. D’autres poussent les malades à la rébellion en criant "On amène vos sœurs de force. Défendez-nous !" Le commissaire chargé de mener l'évacuation renonce.
Les soldats interviennent
La ville passe à l’étape supérieure avec l’aide du préfet, cette fois-ci ce sont des grenadiers, des soldats, qui doivent diligenter l’expulsion. Plusieurs sœurs sont renvoyées suite à cette affaire, six sont cependant réintégrées après avoir fait acte de soumission et de repentance, acceptant d’être dirigées par des laïcs. Une vingtaine décide de ne pas revenir ni de plier l’échine et ira fonder un autre couvent. L’administration des Hospices et le préfet furent remerciés de leur action par Adolphe Thiers, ministre de l’Intérieur après cette "rébellion des sœurs".
